Gəncə Hərbi Məhkəməsi Azərbaycan Respublikasının məhkəmə-hüquq sistemində mühüm strateji mövqeyə malik, hərbi xidmət sahəsində qanunun aliliyini təmin edən ixtisaslaşmış birinci instansiya məhkəməsidir. Ölkənin qərb sərhədlərinin təhlükəsizliyi, burada yerləşən böyük hərbi birləşmələrin döyüş hazırlığı və daxili nizam-intizamı birbaşa hüquqi mexanizmlərin düzgün işləməsindən asılıdır. Məhkəmə instansiyası Silahlı Qüvvələrdə hüquq qaydalarının bərqərar olunması, cinayətkarlığın qarşısının alınması və hərbi qulluqçuların hüquqlarının müdafiəsi istiqamətində əsas təminatçı kimi çıxış edir.
Bu orqanın səlahiyyət dairəsinə Gəncə şəhəri və ətraf qərb rayonlarında dislokasiya olunmuş Müdafiə Nazirliyi, Daxili Qoşunlar, Dövlət Sərhəd Xidməti və digər qanuni silahlı birləşmələrin hərbi qulluqçuları tərəfindən törədilən cinayətlər daxildir. İcraatda olan işlər əsasən hərbi qulluqçular arasında nizamnamə qaydalarının pozulması, fərarilik, tabelik qaydaları əleyhinə əməllər, silah və sursatla rəftar tələblərinə riayət edilməməsi, eləcə də vəzifə səlahiyyətlərini aşma faktlarını əhatə edir. Hər bir iş üzrə araşdırma aparılarkən həm fərdi məsuliyyət, həm də ordunun döyüş qabiliyyətinə dəyən təsir diqqətlə qiymətləndirilir.
Hərbi məhkəmə yalnız cəza tədbirləri görən orqan deyil, həm də ordu sıralarında hüquqazidd halların qarşısını alan mühüm profilaktik təsisatdır. Hakimlər tərəfindən hərbi hissələrdə təşkil edilən səyyar məhkəmə iclasları, zabit və əsgər heyəti ilə keçirilən hüquqi maarifləndirmə görüşləri şəxsi heyətdə qanuna hörmət hissini gücləndirir. Bu addımlar ordu daxilində nizam-intizamın yüksəlməsinə, xidməti fəaliyyətin təhlükəsiz təşkilinə və komandir heyətinin qanunvericilik çərçivəsində qərarlar qəbul etməsinə birbaşa kömək göstərir.
Gəncə Hərbi Məhkəməsində proseslərin idarə olunması cinayət-prosessual qanunvericiliyin tələblərinə tam uyğun şəkildə, tərəflərin çəkişməsi və hüquq bərabərliyi prinsipləri əsasında aparılır. İttiham olunan hərbi qulluqçuların müdafiə hüququ, vəkillə təminatı və işin obyektiv araşdırılması diqqət mərkəzində saxlanılır. Məhkəmə fəaliyyətində tətbiq olunan Elektron Məhkəmə sistemi sənədlərin operativ mübadiləsinə, istintaq orqanları ilə əlaqələrin rəqəmsallaşmasına və qərarların vaxtında tərtib edilməsinə şərait yaradır.
Ölkənin hərbi təhlükəsizlik arxitekturasında Gəncə Hərbi Məhkəməsinin fəaliyyəti strateji çəkiyə malikdir. Nizam-intizamlı ordu güclü dövlətin təməlidir prinsipinə əsaslanan bu orqan qanunçuluğun keşiyində qətiyyətlə dayanır. Peşəkar məhkəmə nəzarəti sayəsində həm hərbi qulluqçuların qanuni mənafeləri qorunur, həm də Silahlı Qüvvələrin döyüş əzminin və sabitliyinin hüquqi müstəvidə toxunulmazlığı təmin edilir.